El frijol lima (Phaseolus lunatus L.) es una de varias especies de Phaseolus que fueron domesticadas en las Américas. Como otras leguminosas, el frijol Lima establece una relación simbiótica con bacterias fijadoras de nitrógeno conocidas como rizobios. En los años 30 del siglo XX, el frijol Lima se incluyó en el grupo de inoculación cruzada del caupí que incluía al caupí y otras leguminosas hospederas y sus rizobios asociados compartidos. Los rizobios de caupí eran en su mayoría de crecimiento lento y luego se incluyeron en el género Bradyrhizobium. En la actualidad, varios estudios han demostrado que el frijol Lima es capaz de establecer simbiosis con una variedad de rizobios, aunque prefiere los bradyrizobios. Se han reportado al menos siete genoespecies de Bradyrhizobium de frijol Lima en México, y se han encontrado cepas de Bradyrhizobium, Rhizobium, Agrobacterium, Mesorhizobium y Allorhizobium en Brasil. En Perú, hemos encontrado mayormente Bradyrhizobium distribuido en cuatro (geno)especies con una de ellas, Bradyrhizobium paxllaeri, representando hasta el 80 % de los bradyrizobios obtenidos en la costa central donde se cultiva la mayor parte del frijol Lima. Es interesante notar que todos los aislamientos de B. paxllaeri muestran perfiles genómicos por PCR muy similares, así como genes “housekeeping” y simbióticos idénticos o casi idénticos. Los genomas obtenidos han revelado alta conservación a nivel de secuencia y de identidad promedio de nucleótidos dentro de esa especie. Estas observaciones son consistentes con la presencia de una población clonal dominante de B. paxllaeri como colonizadores altamente exitosos de los nódulos de frijol Lima en la costa central de Perú. Comprender las bases de esa dominancia podría permitir la selección de cepas para inoculantes más competitivas.