Se muestran evidencias obtenidas de diferentes estudios realizados por nuestro grupo de trabajo sobre el papel del flujo génico y la introgresión silvestre-domesticado en la estructura y diversidad genética del frijol Lima (Phaseolus lunatus) en la península de Yucatán, un área importante de diversidad genética en Mesoamérica, utilizando datos etnobotánicos, morfológicos y moleculares, a escala local y regional. A escala local, los resultados indican una introgresión genética predominantemente en una dirección del acervo domesticado hacia el silvestre, pero también evidencia de un flujo genético bidireccional en los complejos silvestre-arvense-domesticado estudiados. Dentro de estos complejos, encontramos: a) individuos silvestres y domesticados puros, pero también individuos arvenses; b) mayores niveles de introgresión en el complejo más antiguo; c) mayores niveles de diversidad genética en complejos con mayores niveles de introgresión; d) mayor diversidad genética (H_E ) en las accesiones domesticadas que en las silvestres. A escala regional, encontramos: a) flujo genético bajo, predominantemente de domesticados a silvestres; b) una marcada estructura genética basada en la existencia de los acervos genéticos MI domesticado y MII silvestre; c) mayor diversidad genética en el acervo silvestre que en el domesticado. Nuestros resultados indican que el flujo y la introgresión genética están jugando un papel importante a escala local, pero sus consecuencias en la estructura y diversidad genética del frijol Lima no se reflejan a escala regional, en donde los patrones de diversidad entre poblaciones silvestres y domesticadas podrían estar reflejando eventos históricos.