Procesos evolutivos como la domesticación generan cambios en la composición genética de las poblaciones de diferentes cultivos, dejando señales en los genomas como la distorsiones en el espectro de frecuencias de sitio, mayores niveles de desequilibrio de ligamiento, menor variabilidad local y mayor diferenciación entre poblaciones silvestres y domesticadas. En los últimos años se ha incrementado el conocimiento sobre el proceso de domesticación debido a los avances en las tecnologías de secuenciación que han permitido el ensamblaje del genoma de especies no modelo como el Frijol Lima. En esta investigación se generó el re-secuenciamiento del genoma completo (WGRS) de 60 accesiones de frijol Lima con el objetivo de identificar regiones genómicas potencialmente asociadas con huellas de selección en esta especie. El análisis de los datos se llevó a cabo a través de enfoque integrador empleando tres estrategias que comparan las accesiones silvestres y domesticadas dentro de cada acervo genético. Estas estrategias fueron: (1) Evaluación de índices de diversidad mediante un enfoque genómico de ventana deslizante, (2) evaluación de índices de diversidad mediante un enfoque gen por gen, (3) un enfoque basado en la frecuencia de alelos que calcula estadísticas de diferenciación genética entre poblaciones. Se identificaron mediante el primer enfoque un total de 362 regiones (34,8Mpb) en el acervo Andino, incluyendo 2.517 genes candidatos bajo selección. En el acervo Mesoamericano se hallaron 372 regiones (32,02 Mpb) con 2.207 genes. Mediante el segundo enfoque se identificaron 739 y 1.016 genes para el acervo genético Andino y mesoamericano, respectivamente. Estos resultados sugieren que alelos de diferentes genes fueron seleccionados en los procesos de domesticación mesoamericano y andino, configurando un proceso de selección convergente.