Una de las especies de frijol más importantes consumida por su grano seco es el frijol Lima (Phaseolus lunatus L.). El fríjol Lima es una especie de interés científico desde el punto de vista evolutivo por dos razones. Primero, su pariente silvestre, el fríjol Lima silvestre, es una especie ampliamente distribuida desde el norte de México hasta el norte de Argentina con una estructura genética definida en acervos génicos. Segundo, esta especie fue domesticada al menos dos veces e independientemente en Mesoamérica y los Andes lo que dio origen a una gran diversidad de variedades criollas mesoamericanas y andinas. La domesticación dual brinda una excelente oportunidad para evaluar los efectos que sobre el genoma de las variedades criollas han tenido los procesos de domesticación. En el presente trabajo se presentan los resultados de diversos estudios que han sido liderados por nuestro grupo de investigación sobre la diversidad genética del frijol Lima silvestre y domesticado mediante marcadores moleculares del ADN cloroplástico y marcadores genómicos del ADN nuclear. Los resultados muestran un origen andino para el frijol Lima silvestre durante el Pleistoceno y una temprana divergencia de los acervos génicos mesoamericano y andino. Desde su área de origen en los Andes, el frijol Lima silvestre habría migrado a otras áreas en los Andes y Mesoamérica y actualmente se encuentra estructurado en cuatro acervos génicos, dos mesoamericanos (MI, MII) y dos andinos (AI, AII), con distribuciones geográficas no solapantes. Los resultados apuntan a que la domesticación en Mesoamérica tuvo lugar en el centro-occidente de México y en los Andes ocurrió en Ecuador y norte del Perú. Los marcadores genómicos permitieron reconocer tres subgrupos de variedades criollas Mesoamericanas con distribuciones geográficas diferentes: México-Centroamérica, Península de Yucatán y Suramérica. La domesticación redujo la diversidad genética de las variedades criollas, especialmente las mesoamericanas, y produjo altos niveles de desequilibrio de ligamiento. Se discuten las implicaciones que tienen los resultados de investigación en la conservación y uso de esta especie.